作为国医大师，晁恩祥支边22年，深入内蒙古最北部的达翰尔族和鄂伦春族的聚居区，走乡串户开诊治疗，降低了该地区克山病的发病率和致残率。在非典防控中，他是中医第一位参加会诊病例的专家，荣获“抗击‘非典’特殊贡献奖”。此外，他研制的“苏黄止咳胶囊”获得中华中医药学会科学技术奖一等奖、“甲型H1N1流感防控及集成创新性研究”课题获得国家科技进步一等奖。如今，虽81岁高龄，他仍坚持出诊，每天接诊40多人次。